Jean-David Waeber a étudié l’orgue avec Jean-François Vaucher au Conservatoire de Lausanne puis avec Maurizio Croci à la Haute Ecole de Musique de Lausanne, parallèlement à des études de Lettres à l’Université de Fribourg. Après l’obtention d’un Bachelor puis d’un Master de concert, il se perfectionne dans l’étude de la musique ancienne à la Civica Scuola di Musica de Milan avec, principalement, Lorenzo Ghielmi. Il y obtient un diplôme. Il a également suivi des masterclass en Suisse et à l’étranger avec des personnalités comme Luigi Ferdinando Tagliavini, Michael Radulescu, Pieter van Dijk, José Luis Gonzalez Uriol, Maurizio Salerno ou Hans Davidson. Il est également diplômé dans des domaines voisins de la musique d’orgue comme le chant, l’improvisation et la direction chorale. Il s’est perfectionné dans ce dernier domaine auprès de Markus Utz à la Haute École d’Arts de Zürich où il a obtenu un CAS.
Jean-David Waeber a occupé depuis son adolescence des postes d’organiste dans les cantons de Vaud et Fribourg avant de devenir organiste adjoint de la Cathédrale de Sion. Il pratique régulièrement la musique de chambre au clavecin et à l’orgue et joue régulièrement avec des orchestres (Orchestre de Chambre de Lausanne, Orchestre de Chambre de Fribourg, Ensemble Valéik, Orchestra della Civica Scuola di Musica Claudio Abbado, etc.). Maître de chapelle de la cathédrale de Sion, il dirige chaque mois un vaste répertoire allant du chant grégorien à ses propres compositions. Un projet phare de la Maîtrise est la présentation mensuelle d’une cantate de Johann Sebastian Bach. Jean-David Waeber dédie une autre grande partie de son temps à l’enseignement ainsi qu’à la formation musicale au Lycée-Collège des Creusets de Sion et auprès de l’École maîtrisienne de la Maîtrise cathédrale de Sion qui rassemble une trentaine de jeunes chanteuses, chanteurs et instrumentistes. Il aime compléter son approche diversifiée de la musique par le jazz qu’il aborde avec Moncef Genoud.
En 2023, il a fondé l’ensemble Ad Astra avec lequel il aborde essentiellement la musique baroque en voix féminines (musique Renaissance, musique française, musique italienne, etc.). Après plusieurs années à la direction du chœur Oracantat de Sion, il prend en octobre 2024 la direction du Chœur Ardito de Lausanne.